Pliki danych lotu to pamięć elektroniczna samolotu. Przechowują informacje o geografii, sytuacji lotniczej i potencjalnych zagrożeniach w różnych rejonach globu, w których spodziewane jest użycie F-35. W zasadzie wszystkie informacje są „ładowane” do baz danych, co podczas eksploatacji samolotu pomoże w realizacji głównego zadania, czyli ułatwić pilotowi. Informacje te nie są publicznie dostępne, ponieważ są sklasyfikowane jako „ściśle tajne”. Aktualizacją informacji zawartych w danych lotu samolotu zajmuje się laboratorium przeprogramowania w bazie sił powietrznych Eglin na Florydzie. Kiedy zostaną wykryte nowe zagrożenia lub najnowsze broń, które mogą być dalej eksploatowane tym samolotem, a także inne dane, które mogą mieć wpływ na działanie samolotu, informacje są natychmiast dołączane do nowego pakietu danych lotu, a następnie cały pakiet jest zapisywany w pamięci maszyny. Użycie różnej broni, użycie czujników lotniczych itp. itp. - wszystko to jest zapisane w pakietach danych lotu.
Dziś Siły Powietrzne USA korzystają z plików lotniczych zgodnych z najnowszą wersją oprogramowania pokładowego F-35 Block 3F i pracują nad pakietem oprogramowania dla wersji Block 4. Pakiety te związane są głównie z wykorzystaniem różnego rodzaju broni na F-35, w tym produkowanej przez inne kraje należące do NATO.